अमृतसर की स्थापना सिखों के चौथे गुरु, श्री गुरु रामदास जी ने लगभग 1574 में की थी। शहर की स्थापना से पहले, यह क्षेत्र घने जंगलों से घिरा हुआ था और इसमें कई झीलें थीं। शहर को शुरू करने के लिए गुरु ने पट्टी और कसूर जैसे आसपास के स्थानों से संबंधित विभिन्न क्षेत्रों के 52 व्यापारियों को यहां बसने के लिए आमंत्रित किया। इन परिवारों ने शहर में पहली 32 दुकानें शुरू कीं जो आज भी बतीसी हट्टा (32 दुकानें) सड़क पर स्थित हैं। गुरु उनके बीच उस शहर में रहने के लिए चले गए जिसे रामदासपुर कहा जाने लगा और गुरु ग्रंथ साहिब में इसकी स्तुति की गई है।
अमृत सरोवर का निर्माण, जिससे शहर को इसका वर्तमान नाम मिलता है, का निर्माण भी श्री गुरु रामदास ने करवाया था। उनके उत्तराधिकारी, श्री गुरु अर्जन देव ने इस परियोजना को पूरा किया और इसके बीच में हरमंदिर साहिब की स्थापना की। बाद में, जब गुरु अर्जन देव ने पवित्र ग्रंथ साहिब का लेखन पूरा किया, तो गुरु ग्रंथ साहिब की एक प्रति को समारोहपूर्वक हरमंदिर साहिब में स्थापित किया गया। बाबा बुड्ढा साहब को प्रथम ग्रंथी नियुक्त किया गया।
अंतिम गुरु श्री गुरु गोबिंद सिंह के बाद नांदेड़ से सिख बाबा बंदा बहादुर पंजाब आए और शाही मुगल सेनाओं को कई करारी शिकस्त दी। इससे सिख शक्ति का उदय हुआ और मिस्ल कई “जत्थों या बैंडों” का उदय हुआ। सिख संघ की 12 मिसलों ने पंजाब को नियंत्रित किया और समय-समय पर अपने क्षेत्र और संसाधनों का विस्तार करने का प्रयास किया। इनमें से 4 मिसल, अर्थात्; अहुलवालिया मिसल, रामगढिया मिसल, कन्हिया मिसल और भंगी मिसल ने समय-समय पर अमृतसर को नियंत्रित किया। उनमें से प्रत्येक ने अमृतसर शहर के लिए योगदान दिया।
महाराजा रणजीत सिंह से पहले, बाहरी अमृतसर पर भंगी मिसल का नियंत्रण था, जिन्होंने गोबिंदगढ़ किला बनवाया था। महाराजा रणजीत सिंह ने अपने करियर के आरंभ में ही उन्हें कुचल दिया था। अमृतसर के एक हिस्से पर खन्हिया मिसल का नियंत्रण था, जिसके साथ महाराजा रणजीत सिंह ने छह साल की उम्र में जय सिंह की नवजात पोती महताब कौर से शादी करके वैवाहिक गठबंधन बनाया था।
अहलूवालिया मिसल ने शहर के बड़े हिस्से को नियंत्रित किया। जस्सा सिंह अहलूवालिया इसके सबसे प्रमुख नेता थे। उन्होंने 1765 में अमृतसर की लड़ाई में अफगान अहमद शाह अब्दाली को हराया। वह एक समय में सबसे अमीर और सबसे शक्तिशाली मिसलदार थे। मिसल ने शहर में किला बनाया और उस पर पूर्ण नियंत्रण रखा, जब तक कि महाराजा रणजीत सिंह ने उसका नेतृत्व स्वीकार नहीं कर लिया।
रामगरिया मिसल ने शेष अमृतसर पर नियंत्रण किया और वह सबसे शक्तिशाली मिसल थी। जस्सा सिंह रामगढ़िया अमृतसर को मजबूत करने वाले पहले व्यक्ति थे, उन्होंने उस जगह को राम नवमी या भगवान का किला कहकर विशाल मिट्टी की दीवार से घेर दिया था। इस पर शाही मुगल सेना द्वारा हमला किया गया था, लेकिन इसका पुनर्निर्माण जस्सा सिंह ने किया था, जिन्होंने इस स्थान का नाम बदलकर रामगढ़ रख दिया था, जहां से उनकी मिसल ने इसका नाम रामगढिया रखा। वह एक क्रूर सैन्य नेता थे और उन्होंने नई दिल्ली में लाल किला भी स्वीकार कर लिया था और चार बंदूकें और बंदोबस्ती स्लैब जिस पर मुगलों को ताज पहनाया गया था, को छीन लिया और इसे स्वर्ण मंदिर परिसर में रख दिया। मिसल काल के दौरान सिख सेना के उपयोग के लिए स्वर्ण मंदिर के चारों ओर आवश्यकतानुसार बैरक, बुंगा, किले और हवेलियों का निर्माण किया गया था।
महाराजा रणजीत सिंह ने सभी मिसलों को अपने नियंत्रण में ले लिया और 1802 तक अमृतसर पर पूर्ण नियंत्रण कर लिया। उन्होंने ही गोबिंद गढ़ किले को आधुनिक तर्ज पर मजबूत किया। उन्होंने राम बैग पैलेस और मुगल लाइन्स के बगीचे का भी निर्माण किया और हरमंदिर साहिब को सोने से ढक दिया और इसे वैसा ही बनाया जैसा हम आज देखते हैं। महाराजा रणजीत सिंह ने अमृतसर शहर के चारों ओर 12 द्वारों वाली विशाल दीवार भी बनवाई। केवल एक गेट “राम बाग गेट” आज भी खड़ा है।
1840 में अंग्रेजों ने अमृतसर पर कब्ज़ा कर लिया। ब्रिटिश शासन के तहत वर्षों में शहर की बाहरी दीवारों को ध्वस्त किया गया और द्वारों का पुनर्निर्माण किया गया, टाउन हॉल का निर्माण किया गया जहाँ से उन्होंने अमृतसर शहर का प्रशासन किया। अंग्रेजों ने राम बाग गार्डन का नाम भी कंपनी बाग रख दिया। रेलवे स्टेशन की वर्तमान इमारत, डाकघर और सारागढ़ी गुरुद्वारा स्मारक सभी ब्रिटिश काल के दौरान बनाए गए थे।
इंडो-ब्रिटिश वास्तुकला का सबसे अच्छा उदाहरण खालसा कॉलेज है, जिसे अमृतसर के चील मंडी के निवासी प्रसिद्ध वास्तुकार राम सिंह ने डिजाइन किया था। उनके कार्यों में ब्रिटेन के ओसबोर्न हाउस में महारानी विक्टोरिया का दरबार हॉल, मैसूर और कपूरथला का दरबार हॉल, लाहौर में चीफ्स कॉलेज और भारत-ब्रिटिश वास्तुकला के कई अन्य उत्कृष्ट उदाहरण शामिल हैं। वह अमृतसर की उत्कृष्ट पिंजरा लकड़ी की कारीगरी और लकड़ी की नक्काशी को दुनिया भर में लोकप्रिय बनाने में अग्रणी थे।
हेरिटेज वॉक में कुछ उत्कृष्ट लकड़ी के काम और पारंपरिक वास्तुकला को दिखाया गया है। यह शहर आज पंजाब की सांस्कृतिक राजधानी है।